Sebaik sahaja menjadi Presiden, beliau membubarkan Kongres dan memberi kuasa penggubalan undang-undang kepada suatu suruhanjaya militari yang terdiri daripada sembilan orang. Di samping itu, Vadela menyekat peranan mahkamah, parti-parti politik, dan kesatuan pekerja dan memenuhi jawatan-jawatan penting kerajaan dengan ahli tentera. Dalam masa seminggu, beliau menahan beratus-ratus rakyat yang disyaki gerila berhaluan kiri dan ini berterusan sewaktu pemerintahannya. Mangsa penahanan ini telah diberi panggilan "desaparecidos" dan dianggarkan antara 10,000 and 30,000 rakyat negara ini telah hilang secara misteri sewaktu pemerintahannya.

Namun demikian, beliau merupakan tunggak utama dalam membendung kegiatan Marxisme di Argentina. Videla terkenal sebagai seorang yang pakar dalam strategi anti-komunisme antarabangsa. Walaupun beliau dikecam oleh Presiden AS Jimmy Carter kerana melanggar hak asasi manusia, berlainan pula dengan pengganti Carter iaitu Ronald Reagan yang sememangnya anti-komunis. Reagan bukan sahaja memuji beliau, malah memberi bantuan perisikan serta ketenteraan kepada beliau. Videla merupakan orang utama dalam usaha membendung komunisme dan terlibat dalam Operasi Condor, suatu kempen asasinasi dan pengumpulan perisikan menentang keganasan, yang melibatkan anggota keselamatan Argentina, Bolivia, Brazil, Chile, Paraguay, dan Uruguay pada pertengahan tahun 70an, dimana ramai orang diseksa, hilang dan dibunuh tanpa bicara.